A.过长的转录物往往不能形成理想的二级结构，从而大大降低外源基因编码产物的翻译效率。
B.往往会产生大量无用的蛋白质，增加工程菌无谓的能量消耗。
C.如果外源基因下游紧接有载体上的其它重要基因或DNA功能区域，则RNA聚合酶在此处的转录可能干扰质粒的复制及其它生物功能，甚至导致重组质粒的不稳定性。
D.转录产物越长，RNA聚合酶转录一分子mRNA所需的时间就相应增加，外源基因的转录效率下降。